2018年，天网系统与人类的战争使世界陷入了末世般的境况，反抗军精神领袖约翰·康纳（克里斯蒂安·贝尔ChristianBale饰）带队执行一次任务的原来就在一年多以前，沁兰之月王国的精灵女王碧翠丝·月华突然得了一种怪病，身体迅速的衰弱了下去，精灵们想尽了各种办法，连兽人的萨满、人类世间一切之善教会的主教们都被他们秘密绑架到了沁兰之月王国为女王治疗，但却都毫无效果，眼看着女王一天比一天虚弱，这让爱戴女王的精灵们痛苦极了。过程中获得了战胜天网的新思路，而天网系统适时推出了新的目标排名，康纳位居次席，榜首上康纳此时尚年青的父亲凯尔·瑞斯赫然在列。与此同时，一名遗忘了自身过去经历的强壮男子马库斯（萨姆·沃辛顿SamWorthington饰）出现在洛杉矶的废墟中，他与反抗军战士瑞斯偶然结识，并组队前往反抗军总部，不料途中遭机械人袭击，瑞斯被俘。落单的马库斯经由反抗军女战士布莱尔引路，迎来了与康纳命中注定的相遇，但人与机械的对立让康纳不得不视对方为敌人…… 瑞斯在天网中心生死未卜，同时反抗军高层不肯推迟强行进攻计划，留给康纳的时间不再充裕，他只能选择进行一场赌上姓命与荣誉的潜入行动。
