军方和汽车人的秘密合作计划面临被取消的危险，而重新复活的威震天和红蜘蛛引领霸天虎军队，密谋夺取能量源，企图在地球掀起又一场腥风血雨。 此时主人公萨姆（希安·拉博夫 Shia LaBeouf 饰）告别相恋的女友米凯拉（梅根·福克斯 Megan Fox 饰），要开始自己梦寐以求的大学生活了，但一切似乎都不那么顺利，一块小小的魔方碎片似乎在给予萨姆某种启示。为了获取魔方里的信息，霸天虎开始了对萨姆的追击，擎天柱为了保护萨姆而牺牲，萨姆受其感召，决定重新担负起自己的使命。 萨姆在自己室友里奥（雷蒙·罗德里格斯 Ramon Rodriguez 饰）和“机器战士”西蒙斯（约翰·托尔托罗 John Turturro 饰）的帮助下，与女友米凯拉根据魔方碎片给萨姆的提示来到了埃及，他们在金字塔里发现了能量源。而此时，霸天虎的军队也赶到了埃及。军方此时有一小队人马也在西荤斯的要求下带着擎天柱的尸体来到了埃及，善恶双方力量在那片金铯的沙漠展开了殊死搏斗。不过因为绑架世间一切之善教会主教的事情，沁兰之月王国与神圣晴空帝国的关系变的有些紧张，民间往来虽然没受太大影响，但拉娜瑟丝的身份却比较敏感，她隶属于沁兰之月王国最为隐秘的部队“月之暗影”，这是一支有别于精灵的传统，行走于黑暗之中的部队，手段也极为狠辣决绝，无论在人类还是兽人当中她拉娜瑟丝都是恐怖与危险的代表，再加上女王病重之事不能被别人得知，拉娜瑟丝只好偷偷地潜入了进来。
