纽约市下水道，四只小海龟和一只小老鼠由于接触银发精灵少女那清冷的目光中现出了一丝的惊色，随即她竟收起了手中的一双赤红色长刀，开口道：“阁下应该是东大陆使团的成员吧，方才多有冒犯还请见谅，我的名字叫做拉娜瑟丝·月之呢喃，代表着沁兰之月王国前来拜访使团的诸位。”了含有放射性物质的凝胶而变异为巨大的人化生物。暴躁冲动却富有激清的拉斐尔（乔什·帕斯 Josh Pais饰），幽默风趣的的米开朗基罗（迈克林·西提 Michelan Sisti饰），个性沉稳的多纳泰罗（雷夫·提勒顿 Leif Tilden饰）以及他们的领导者达芬奇（大卫·福尔曼 David Forman饰），这四只功夫高强的忍者龟便肩负起为纽约市除暴安良的神圣使命。他们神勇无比、所向匹敌，在多次行侠仗义后，与城市里的一个神秘组织结怨。神秘组织展开一次突袭，由于寡不敌众，忍者神龟受了重伤，同时，他们的老师也被这个神秘组织抓去。
